Este tema fue un importante punto del Gobierno Pastrana, pues más que trabajar por la protección de la sociedad civil colombiana, como de quienes hacen parte del conflicto armado interno, era vital la capacitación sobre el tema, qué papel se juega, qué derechos se tienen y cómo ponerle un límite a la guerra.

El trabajo hecho por Colombia en este tema tuvo el reconocimiento internacional, pero también el desacuerdo de las organizaciones no gubernamentales (Ong's) que no comparten la admiración de algunos sectores internacionales como Estados Unidos y el Parlamento canadiense.

Las Ong's aunque no desconocieron que Colombia ha avanzado en el tema de Derechos Humanos, sí puntualizaron en que todavía falta mucho camino para que Colombia sea un verdadero ejemplo en esta rama, teniendo en cuenta que a diario se cometen delitos de lesa humanidad, tales como secuestros, desplazamientos y muertes de la sociedad civil, por parte de los grupos armados como los paramilitares y las guerrillas de las Farc y el ELN.

Según el segundo informe Anual sobre la situación de los Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario en Colombia, publicado por el Ministerio de Defensa revela que los hasta 2001, los grupos armados ilegales fueron violadores permanentes de los derechos humanos e infractores del DIH. Las situaciones delictivas consisten principalmente en homicidios, masacres, asaltos a poblaciones, uso indiscriminado de armas no convencionales, asaltos a poblaciones, secuestros, extorsiones y desplazamiento forzado y en general todas las formas accesibles de terrorismo, que han ejercito contra las instituciones democráticas y la población civil.

En los primeros siete meses de los años 99, 2000 y 2001, el número total de asesinatos de civiles realizados por la guerrilla y las autodefensas ilegales ha oscilado entre 1.300 y 1.500. entre el 95 y 2000 el mayor número de asesinatos (64.3%) era perpetrado por la guerrilla.

La guerrilla también ha sido la autora de los más irrazonables ataques a la infraestructura de conducción de combustible, de energía eléctrica y al sistema vial.

Derechos Humanos en cifras
En 1997 cuando aún se encontraba en el poder Ernesto Samper Pizano la cifra de secuestros llegó a 1.675, en 1998 y 1999 bajo el mando de Andrés Pastrana Arango, el aumento fue considerable, pues se registró en 3.014 y 3.334 respectivamente. En 2000 bajo a 2.706, en 2001 subió nuevamente con 3041 y en lo corrido de 2002 en 1.406. En los últimos seis años 16.180 personas han sido plagiadas por grupos alzados en armas y delincuencia común. Al final de su mandato, más de 400 personas recobraron su libertad.

Las violaciones a los DD.HH e infracciones al DIH se registró en 1995 con 1.34% a las autodefensas ilegales y un 98.7% a la subversión. En 2001 fue de un 30.3% a las autodefensas ilegales y un 69.7 a la subversión.

En los ataques a las poblaciones en 1998 un 92% fue de las Farc y un 8% a las autodefensas; en 2001 el 85% correspondió a las Farc y un 15% a las autodefensas.

En 1998 la subversión asesinó a 549 civiles, 210 en 1999, 1.075 en 2000 y 1.060 en 2001. Por su parte, las autodefensas dieron muerte a 216 personas en el 98, 743 en el 99, 1.012 en 2000 y 1.028 en 2001.

160 voladuras a oleoductos hubo en 1998, en 1999 la cifra subió a 128 y 260 se registraron en 2001. En cuanto a los ataques hacia los puentes 10 se presentaron en 1998, 2 en 1999, 31 en 2000 y 29 en 2001.

Las autoridades capturaron desde 1998 hasta mayo de 2002 a 6.904 miembros de los grupos guerrilleros y 4.394 fueron dados de baja.

Desde el año de posesión de Pastrana Arango, se aprehendieron a 2.273 miembros de grupos de autodefensa y 331 perdieron la vida.

En 1999, 20 menores de edad de las Farc entregaron a las autoridades, 8 del ELN y ninguno de las AUC. En 2000 se desertaron 67 de las Farc, 14 del ELN y uno de las AUC. En el 2001 salieron de las filas subversivas 44 de las Farc, 32 del ELN y 17 de las AUC.

Los procesos disciplinarios contra la Fuerza Pública en cuanto a Derechos Humanos, han decrecido lentamente. En 1998 se presentaron 1.680 quejas, de las cuales de abrieron investigación a 147. En 1999 las quejas fueron de 586 y las investigaciones de 148, en 2000 461 quejas y 178 investigaciones, en 2001 502 quejas y 163 investigaciones.

Capacitaciones
Se han dictado 1808 cursos y capacitado en Derechos Humanos más de 103.000 miembros de las Fuerzas Militares en los últimos cinco años.

El programa de Protección a Defensores de Derechos Humanos, sindicalistas, líderes sociales y Personas Amenazadas, de las 177 personas y ONG protegidas
en 1999 se pasó a 1897 a finales de 2001.

Programa de Protección a periodistas y comunicadores sociales. De 77 personas protegidas en el año 2000, a finales de 2001 se estaban protegiendo 327.

Programa de protección integral a dirigentes, miembros y sobrevivientes de la U.P. y del Partido Comunista Colombiano. Durante el año 2000 fueron protegidas 14 personas, en tanto que a finales de 2001, se estaban protegiendo 69.

Desplazamiento
El desplazamiento es el resultado de la combinación de diferentes estrategias empleadas por parte de los grupos guerrilleros y de autodefensa que convierten a la población civil en blanco de sus actuaciones. Según los datos registrados en el Sistema Nacional de Información del Desplazamiento Forzado del Gobierno nacional, 720.000 personas tuvieron que desplazarse entre 1996 y 2001.

En el año 2000, 128.843 personas fueron desplazadas. En 2001, esta cifra ascendió a 190.454 personas, es decir, que en el lapso de un año se presentó un incremento aproximado en el desplazamiento de un 50%.