No obstante otra era la realidad en 1810 cuando la autoridad que hacía las veces de Congreso era la Junta Suprema de Gobierno, que en ese entonces debía atender temas como el descenso de la industria minera o desarrollar la ganadería, mientras que el actual Congreso se detiene en temas como la reforma a la Ley de Televisión, el Estatuto Antiterrorista o la reforma la justicia. Asimismo, los problemas que siguen vigentes entre una y otra época son la reorganización de las finanzas y el sistema tributario.

Precisamente, era la Junta de Gobierno la que citaba al Congreso. La primera vez que lo hizo fue el 29 de julio de 1810 con el fin de precisar cómo solucionar el problema de la autoridad política y crear la Constitución, condición que había quedado estipulada en el Acta de Independencia. Sin embargo no hubo el quórum suficiente, sólo se presentaron 6 representantes de un total de 15 provincias.

A su vez se integraron los estados al ser eliminada la autoridad de España, de manera que Santa Marta y Popayán decidieron seguir fieles al rey Fernando VII, mientras que Cartagena, Santafé, Tunja y Antioquia, optaron por la independencia absoluta.

El siguiente intento en el que se reunió un segundo Congreso fue a finales de 1810 cuando se concretó la Confederación de las Provincias Unidas de Nueva Granada, a la cual se inscribieron Chiquinquirá, Muzo, Sogamoso, Villa de Leyva (todos estos cuatro en Boyacá); Vélez y Girón (ambos en Santander), Timaná (Huila) y Purificación (Tolima). En noviembre, nuevas provincias se sumaron al grupo como Neiva, Cartagena, Pamplona y Tunja. Se abstuvieron de ello, Cundinamarca y Chocó.