Inicio su carrera en el fútbol como defensa del Independiente Medellín en 1984, dirigido precisamente por Julio Comesaña. Su carrera de entrenador, comenzó a conocerse cuando fue designado DT de la selección Colombia sub-17 en el sudamericano de la categoría de 1997. Un año después llegaría al equipo con el que conseguiría destacarse en la escena del balompié nacional. No obstante, los logros fueron esquivos y su fama de “de malas” comenzó a formarse.

Primero fue en 1998

Con el Once Caldas, Álvarez llegaba como favorito para la final ante el Deportivo Cali. Durante todo el año, el equipo de Manizales fue el mejor equipo (112 puntos), pero frente a los 'Azucareros' cayó en su rendimiento.

Una derrota 4-1 en el Pascual Guerrero y un 0-0 en el Palo Grande, hicieron que el 'Blanco blanco' dejará escapar la oportunidad de conseguir su primera estrella.

En el 2003 fueron los penaltis

Tras su salida de la Selección Colombia (por aquel fatídico 9-0 ante Brasil en Londrina), Javier Álvarez llegaba a una nueva final, esta vez con el Deportivo Cali. El equipo vallecaucano era el favorito frente al Tolima, equipo revelación del campeonato que le amargo nuevamente el rato al estratega paisa.

Una derrota 3-1 como visitante y una victoria 4-1 como local, produjo que los 'Pijaos' ganaran su primera estrella por cobros desde el punto penal y que Álvarez renunciara a la dirección técnico del cuadro caleño.

2009: Excepticismo en Manizales

Venía de fracasar con el Atlético Huila (Torneo Finalización 2008), dejándolo cerca del descenso. Sin embargo el Once Caldas apostó nuevamente por las condiciones de Javier Álvarez.

Con un comienzo irregular, el equipo manizalita fue subiendo en su nivel y se agrandó en los cuadrangulares, donde estuvo cerca de quedar eliminado al perder con Equidad como local.

No obstante en la última fecha, a la espera de que el Tolima no ganara, Once Caldas derrotó 3-2 al Chicó y se clasificó a la final para enfrentar al Atlético Junior y quitarse la fama de poco “suertudo” en el balompié nacional, logrando el título del Apertura 2009.