La historia de la ciudad se remonta a la época pre-colombina, en la cual, la zona que hoy comprende la ciudad, estaba habitada por las tribus de las culturas Quimbaya y Pijao, ampliamente reconocidas por su orfebrería. En esta región, el mariscal de campo Jorge Robledo fundó la ciudad de Cartago el 9 de agosto de 1540, pero el asedio de los pijaos o bien razones de conveniencia económica, produjeron el traslado de dicha ciudad al sito que ocupa actualmente en el norte del Valle del Cauca, en 1691, hacia las márgenes del río La Vieja. Entonces la región volvió a tornarse selvática y sepultó los vestigios que quedaban de civilización.

Tiempo después, con el ideal de revivir esta ciudad perdida, un 24 de agosto de 1863, el presbítero Remigio Antonio Cañarte, Don Felix de la Abadía, Jorge Martínez, el presbítero Francisco N. Penilla y los jóvenes Elías Recio y Jesús María Ormaza, regresaron a las ruinas de la antigua Cartago, donde establecieron unas cuantas chozas. El 30 de agosto del mismo año se bendijo la capilla, donde posteriormente Don Juan María Marulanda levantó su casa.

Durante 6 años se llamó Cartago Viejo, pero en 1869 la municipalidad de Cartago le dio el nombre de Villa de Pereira, en honor al doctor José Francisco Pereira, quien en 1816 se refugiara en la zona, junto con su hermano Manuel Pereira, tras la derrota de las huestes patriotas de Simón Bolívar en la batalla de Cachirí y manifestase, tiempo después, el deseo de que se estableciese una ciudad en dichos predios, deseo que se cumplió seis días después de su muerte.

En los años 50, en la época de la violencia política partidista en el país, Pereira se convirtió en un sitio de refugio de miles, cuadruplicando su población y creando un crisol nacional que cambió para siempre su comunidad, condensando la vocación de ciudad plural que tendría en adelante.

En los últimos años, la ciudad ha logrado una identidad urbana y un crecimiento significativo en su nivel cultural; la integración social y el nivel de educación más alto y generalizado le están permitiendo a la ciudad un crecimiento sostenido, no sólo económico, sino también cultural.