McQuarrie fue criado en Princeton Junction y en los primeros años de su vida no creyó que el mundo del espectáculo fuera su vocación. De hecho decidió trabajar como asistente en la Escuela Cristiana en Perth, y en una agencia de detectives.
Sin embargo, decidió ingresar al mundo del séptimo arte como guionista, siendo colaborador frecuente del afamado director Bryan Singer, ayudando a escribir el guion de cintas como "Public Access", "The Usual Suspects","Valkyrie", "Jack the Giant Slayer" y "Al filo del mañana".
Fue tal su éxito que incluso ganó el Premio Oscar a mejor guion original gracias a "The Usual Suspects". En los años más recientes decidió incursionar en la dirección y se ha hecho cargo de grandes proyectos de Hollywood como "The Way of the Gun", "Jack Reacher" y las últimas tres entregas dela saga de "Misión: Imposible".