En un principio el equipo se llamó Once Deportivo, transcurría el año de 1930, y nació por la necesidad de crear una institución que representará al fútbol del departamento de Caldas en los diferentes torneos nacionales. Años más tarde, este equipo le serviría de base al "Unión Deportiva" que en 1941 representaría a Caldas en unas Olímpiadas Nacionales de Bucaramanga, con resultados fueron nefastos.

Con el paso del tiempo, Once Deportivo seguiría creciendo hasta que en 1947 se convirtió en equipo profesional. En 1948 actúa en el primer campeonato del fútbol profesional colombiano, torneo en el que ocupa la novena posición entre diez equipos y a 12 puntos del campeón, Santa Fe.

En los años siguientes sus participaciones en el torneo son regulares, en 1.949 ocupó de nuevo el noveno lugar con 20 puntos, en 1.950 fue 15 con sólo 6 puntos y quedó a 29 de su vecino de patio el Deportes Caldas que fue el Campeón. En 1951 fue su última participación en el campeonato y nuevamente ocupó los últimos lugares, ese año obtuvo sólo 34 puntos muy lejos del campeón Millonarios.

Por graves problemas económicos desapareció y la batuta del fútbol en el departamento de Caldas fue tomada por el Deportes Caldas que con el paso del tiempo se convertiría en lo que hoy conocemos como Corporación Deportiva Once Caldas.

Bajo el nombre de Deportes Caldas el equipo ganó la única estrella que tiene en su historia. Fue durante la tercera temporada del fútbol colombiano en 1950. Un equipo encabezado por Víctor Kriscuonas Vitatutas; Alberto Kérsull y Ubaldo Luengo; Mario Garrido, Enrique Navarro, Evar Martín Cativiela; Carlos Arango, Segundo Tessori, Julio Enrique "Stuka" Avila, Rubén Padín y Jacinto "Dienteleche" Villalba, como plantel base, logró coronar un sueño del pueblo caldense, pues a lo largo de todo el año fue el mejor equipo.

Un año después el sentimiento que acompañaba al pueblo caldense era de tristeza pues el Deportes Caldas se disolvió al no poder mantenerse económicamente. Esto se unía a la anterior pérdida del Once Deportivo, por lo que el departamento se quedaba sin fútbol profesional.

Sin embargo, los dirigentes no se resignaron a dejar sin fútbol a la ciudad de Manizales y lograron conformar un equipo que era una fusión de los dos anteriores y que llamaron Deportivo Manizales, pero no cambio la historia de la clasificación y de las finanzas y el club termino disolviéndose para 1.953

Con los jugadores que quedaron libre del Deportivo Manizales se conformó el Atlético Manizales que en un buen año ocupó el cuarto lugar en el campeonato. En ese equipose destacaba la presencia de José Manuel Moreno, Rubén Padín Enrique Pessarini, Juan Carlos Pellegrino y Enrique Avalos, entre otros. Al no contar con un gran apoyo por parte de la afición, Atlético Manizalez desapareció en octubre de 1953, pues al no poder sostener a sus jugadores, estos regresaron a sus equipos de origen y la ciudad permanecería tres años sin fútbol profesional.

El ímpetu emprendedor de los dirigentes de Manizales hace que el equipo reaparezca en 1958 y ese año ocupa la casilla nueve con 26 puntos a 22 del Campeón Santa Fé y aventajando únicamente al América. Este es el año del último registro histórico del Deportivo Manizales, pues definitivamente desaparece del panorama nacional.

En 1959, liderados por Carlos Gómez Escobar y Eduardo Gómez Arrubla nació el Once Caldas. La idea de Gómez era revivir el Deportes Caldas, mientras que Gómez Arrubla defendía al Once Deportivo. Sin embargo, por intermediación de Hermán Bueno Ramírez se tomo una parte de cada uno de los equipos y se bautizó Once Caldas.

Tan sólo hasta 1961 el equipo fue aceptado en forma oficial por la División Mayor del Fútbol Colombiano y de ahí en adelante el cuadro blanco de Manizales ha recorrido un camino lleno de alegrías y tristezas, además de contar en sus filas con varios de los mejores jugadores del fútbol nacional.

Con el paso del tiempo, las necesidades económicas llevaron a los dirigentes a llamar al equipo con el nombre su patrocinador, por esta razón el Once Caldas se llamó Varta Caldas, Cristal Caldas. Bajo el nombre de Crital Caldas, el Jueves 2 de Julio de 1.983 se coronó campeón del Copa de la Paz

Siguiendo con el constante cambio de nombre, el equipo pasó a llamarse Once Phillips, con llegada de la multinacional holandesa se crearon ambiciosos planes, especialmente los relativos a trabajos con Divisiones Inferiores.

Cuando se terminó el convenio con Phillps, el equipo pasó a llamarse nuevamente Once Caldas, nombre que conserva a estos días. Luego del título de 1950, en 1998 el equipo bajo la orientación técnica de Javier Álvarez estuvo cerca de coronarse campeón del fútbol colombiano. Sin embargo perdió la final ante el Deportivo Cali, el primero partido realizado en Manizales finalizó con empate a cero goles, mientras que el segundo favoreció a los azucareros con marcador de 4-1.

Este subcampeonato le permitió jugar la Copa Libertadores de América en 1999. Ese año integró el grupo con Deportivo Cali, River Plate y Vélez Sarsfield de Argentina.

En 1998, le correspondió al jugar la Copa Comebol en lugar de Millonarios en lo que sería su primera participación en un torneo internacional. En ese torneo fue eliminado en la primera ronda por el Santos de Brasil que al final se coronó campeón.

Durante la libertadores de 1999, el equipo logró su más resonante victoria a nivel internacional al golear 4-1 a River en el estadio Palograndre. Ese día los albos vencieron a los argentinos con goles de Edwin Congo, en dos ocasiones, Sergio Galván y Alexander Padilla.

Tras 53 años de espera, el Once Caldas logró la segunda estrella de su historia al coronarse campeón del Torneo Apertura 2003, luego de vencer en la gran final al Atlético Junior. En ese equipo se destaca la presencia de Arnulfo Valentierra, Sergio Galván, Juan Carlos Henao, Smanuel Vanegas, Edgar Cataño y Rubén Darío Velasquez, entre otros.

El cuadro blanco fue un justo campeón, pues bajo la batuta de Luis Fernando Montoya lideró el torneo de principio a fin y fue el mejor en todos los aspectos.