El fútbol de la capital Nortesantandereana creció bajo el estimulo y la enseñanza del dominicano David Maduro y del venezolano Federico Williams.

Para el mes de septiembre del año de 1949, cuando estaba en auge la fundación del Fútbol Profesional Colombiano, se reúnen Gustavo Sandoval Ferrero, Hernando Lara Hernández, Federico Larsen, Juan B. Gonzáles, Alejandro Sánchez Cuadros, Manuel Blanco Suárez, Manuel Ángel y Luis E. Sanjuán, para tomar la decisión definitiva de fundar la institución Cúcuta Deportivo con acciones que costaban $10 y que a los pocos dias llegaron a 1700 acciones.

Hernando Lara Hernández gestiono para lograr el ingreso del Cúcuta Deportivo a la División Mayor del Fútbol Colombiano (Dimayor), y fue quien viajó a Uruguay para traer consigo a jugadores de la talla de Juan José Tulio, Julio Ulises Terra, Alcides Mañae, Carlos Zunino, Abraham Gonzáles, Luis Alberto Miloc, Ramón Villaverde y Carlos Deluka. En 1950 Uruguay fue campeón mundial y un año mas tarde se vincularon al conjunto cucuteño los charruas campeones Eusebio Tejera y Shubert Gambeta, que llegaron acompañados de Bibiano Zaparain y Antonio Sacco.

En 1954 el Cúcuta Deportivo no pudo participar en el campeonato colombiano por problemas económicos que tocaron a la institución; un año después regresaron a la competencia.

Cúcuta se destacaba por sus grandes inversiones en jugadores del fútbol suramericano especialmente del fútbol uruguayo, pero para el año de 1959 fue el argentino Felipe Marino quien quedo como goleador del campeonato colombiano con 35 tantos. Tener al goleador del fútbol colombiano en el cuadro cucuteño, se repitió para el año de 1962 pero esta vez fue el uruguayo José Omar Verdum con 36 anotaciones; este titulo individual lo repitió en 1963.

En 1964, el Cúcuta hizo la mejor campaña de toda su historia al llegar al subcampeonato detrás de millonarios. Esta nomina de jugadores no tubo muchos cambios a la de años anteriores con gran plantilla uruguaya, y se destaco el jugador cucuteño Germán "Burrito" Gonzáles quien se convirtió en figura del profesionalismo.

En 1971 el cuadro motilón realizo una buena campaña terminando en la quinta posición. Los argentinos Hugo Horacio Lóndero, Jorge Drago y Carlos Miguel Dizz alinearon con el elenco local.

Se habla de un Cúcuta para el año de 1978 con grandes estrellas: Abel Dagracca, Carlos Miguel Dizz, Camilo Aguilar, Juan Ramón Verón, Hilario Bravi, Héctor Luis Rando, Darío López y "Tumaco" Gonzáles. Ahí apareció uno de los mejores jugadores del fútbol colombiano, Arnoldo "El Guajiro" Iguaran. Verón fue el máximo goleador del equipo con 21 tantos en aquél año.

Desde el año de 1985, con excepción del año 1988 cuando se ubico de octavas entre 15 equipos, el Cúcuta Deportivo no abandonó los últimos lugares de la tabla de posiciones. Esta crisis tuvo su punto más alto para el año de 1995 bajo la administración de los hermanos Moisés (D.T.) y Efraim Pachón (Presidente); Cúcuta ganó 5 juegos de 30; la delantera más pobre del torneo con 25 goles; el onceno cayó a la categoría B e inmediatamente logró ascender en 1996, en un campeonato que festejó el título a mitad de año.

Luego, en un campeonato de seis meses, ocupó el último lugar y descendió de categoría. En 1997 no pudo ascender, terminó segundo detrás de Atlético Huila, y desde aquél año se quedó por más de ocho años en la B hasta el título que logró en este 2005.

Con un equipo equilibrado, con temperamento, calidad técnica y muy efectivo en la parte delantera supo festejar y concretar un sueño por todos los hinchas que se prolongó por mucho tiempo y que generó un fuerte amor hacia el equipo por parte de los fanáticos que acompañaron siempre y que en el juego final llenaron el estadio ‘General Santander’ en un número mayor a 28.000 personas.

Los máximos goleadores del equipo cucuteño tras la historia con 36 anotaciones han sido José Omar Verdún (1962, 1963) y Nelson Silva Pacheco (1973), ambos con 36 anotaciones.

En 2005, Cúcuta ganó la Categoría B del fútbol colombiano ganándole la final a Bajo Cauca. En el primer partido, disputado en Caucasia, el partido concluyó 1 por 1. por el cuadro motilón marcó Yesith Trujillo. En el partido de vuelta en el General Santander, ganó 1 por 0. la anotación fue de Mauricio Molina. Ese equipo fue dirigido por Álvaro de Jesús Gómez.

En 2006, Cúcuta inició una nueva etapa con el técnico Jorge Luis Pinto. Desde el primer semestre del año, el equipo kostró que tenía mucho trabajo y sus jugadores jóvenes y algunos desconocidos empezaron a afianzarse en una idea fundamental.