En su última temporada en la F3000, Webber ejercía, además como probador del equipo Benetton Renault. Sin embargo, antes de llegar a la categoría reina del automovilismo, el piloto australiano rechazó una oferta del equipo Arrows.

Después de un año como probador, debutó con un Minardi en el GP de Australia con un quinto puesto que le supuso los dos únicos puntos que logró en toda la temporada. Tras una primera temporada muy complicada, se pasó a Jaguar, donde pese a puntuar con cierta regularidad (en siete de las diez carreras que terminó) siempre dio la sensación de que había que esperar más de él, sobre todo después de una segunda temporada en Jaguar claramente decepcionante.

Su llegada a Williams parecía ser el despegue del australiano con 36 puntos en una temporada, incluido un tercer puesto en Mónaco, pero la irregularidad de la escudería británica y la malísima temporada de 2006 (siete puntos de Webber para los once de Williams) acabaron con la salida del australiano y su llegada como segundo piloto a Red Bull.